Cha Piô được cho là đã có những phép lạ thần bí như nghe được tiếng nói của linh hồn, khả năng phân thân, khả năng nhìn thấu nội tâm và chữa lành bệnh tật. Những trải nghiệm siêu nhiên được báo cáo của ông ấy cũng bao gồm: nhận được khải tượng[9] (nhìn thấy nghe thấy Chúa), giao tiếp với thiên thần và chiến đấu thể xác với Satan và ác quỷ. Các báo cáo về hiện tượng siêu nhiên của cha Piô đã thu hút sự dư luận, dù rằng ngay cả Vatican có vẻ hoài nghi. Một số hiện tượng này đã được chính cha Piô nhắc đến trong các bức thư viết cho các vị linh hướng của mình, còn những hiện tượng khác thì được nói đến bởi những người theo ông.

Thánh tích

Cha Piô đã viết trong những bức thư của mình rằng, ngay từ khi còn là linh mục, ông đã có những vết thương trên cơ thể, sự đau đớn và chảy máu ở những vị trí của dấu thánh. Trong một lá thư gửi cho cha Agostino Gemelli là một linh hướng của cha Piô vào ngày 21 tháng 3 năm 1912, cha Piô đã viết về lòng sùng kính của mình đối với Thánh thể của Chúa Kitô và linh cảm rằng mình sẽ mang các dấu thánh. Luzzatto tuyên bố rằng trong bức thư này, cha Piô sử dụng những đoạn không được công nhận từ một cuốn sách của Gemma Galgani. Cha Piô sau đó đã phủ nhận rằng ông biết hoặc sở hữu cuốn sách được trích dẫn.

Trong một bức thư năm 1915, Agostino đã hỏi cha Piô những câu hỏi bao gồm: lần đầu tiên ông trải qua những khải tượng, liệu ông có bị kỳ thị hay không và liệu ông có cảm thấy những nỗi đau trong Cuộc khổ nạn của Chúa Kitô hay không, cụ thể là đội mão gai và chịu đánh đòn?. Cha Piô trả lời rằng ông ấy đã trải qua những khải tượng từ thuở mới vào tu viện (năm 1903), đồng thời nói thêm rằng ông đã quá kinh hãi trước hiện tượng này nên đã cầu xin Chúa rút lại dấu thánh của mình.

Vào ngày 20 tháng 9 năm 1918, trong khi nghe xưng tội, cha Piô cho biết các dấu thánh đã xuất hiện trở lại và khiến ông đau đớn. Những dấu thánh ấy được cho là đã liên tục xuất hiện trong 50 năm, cho đến cuối đời. Máu chảy ra từ dấu thánh có mùi hương dễ chịu như nước hoa. Cha Piô nói với cha Agostino rằng cơn đau vẫn còn và trầm trọng hơn vào những ngày cụ thể và trong những trường hợp nhất định. Mặc dù ông ấy nói rằng ông ấy muốn chịu đựng trong bí mật, nhưng vào đầu năm 1919, tin tức về cha Piô đã bắt đầu lan truyền. Cha Piô thường đeo găng tay màu đỏ hoặc màu đen trên tay và chân, nói rằng ông ấy xấu hổ vì những vết thương này.

Agostino Gemelli (là một tu sĩ Công giáo và cũng là một bác sĩ người Ý) tuyên bố rằng những vết thương của cha Piô phù hợp với vết thương mà những người lính đã tự gây ra cho mình khi sử dụng những chất độc hóa học có tính ăn mòn để được hoãn nhập ngũ. Trong khi đó Amico Bignami (là một bác sĩ và nhà nghiên cứu bệnh học người Ý) cho rằng những vết thương của cha Piô có thể là một vết hoại tử da nguyên nhân là do sử dụng cồn iốt hoặc các hóa chất tương tự để cản trở quá trình chữa lành.

Sau khi được công khai, các vết thương đã được nghiên cứu bởi một số bác sĩ, một số bác sĩ thì được Vatican thuê như một phần của cuộc điều tra cha Piô. Một số người cho rằng những vết thương là không thể giải thích được và dường như chưa bao giờ bị nhiễm trùng. Mặc dù có vẻ như đã lành nhưng sau đó chúng sẽ xuất hiện trở lại theo định kỳ.  Alberto Caserta đã chụp X-quang bàn tay của cha Piô vào năm 1954 và không tìm thấy bất thường nào trong cấu trúc xương. Một số nhà phê bình buộc tội cha Piô làm giả các dấu thánh, chẳng hạn bằng cách sử dụng axit carbolic để tạo vết thương. Maria De Vito (em họ của dược sĩ địa phương Valentini Vista tại Foggia) đã làm chứng rằng cha Piô lúc trẻ tuổi đã mua axit carbolic và một lượng bốn gram veratrine, tuy nhiên đã không xuất trình bất kỳ đơn thuốc nào và giữ nó bí mật. Veratrine là một hỗn hợp của các alkaloid, một hóa chất có tính ăn mòn da cao: "Veratrine độc ​​đến mức chỉ bác sĩ mới có thể quyết định có kê đơn hay không" - dược sĩ Vista tuyên bố trước các nhân chứng. Veratrine đã từng được sử dụng như một loại thuốc trừ sâu làm tê liệt cơ, chủ yếu là để chống chấy rận, nhưng cũng được các dược sĩ sử dụng như là một loại thuốc tê khiến người ta không nhạy cảm với cơn đau. Cha Piô khẳng định rằng axit carbolic được sử dụng để khử trùng ống tiêm dùng trong điều trị y tế và sau khi bị dính phải một trò đùa của những người bạn khi trộn chất veratrine với thuốc lá hít (loại thuốc lá dùng mũi để ngửi) gây ra hiện tượng hắt hơi không kiểm soát được sau khi hít phải, ông ấy đã quyết định mua số lượng hóa chất này để chơi trò đùa tương tự với những người bạn của mình. Giám mục của Volterra, Raffaello Rossi đã chia sẻ quan điểm này, cho rằng "Thay vì có ác tâm, điều chúng ta có thể thấy ở đây là sự giản dị của cha Piô và sự vui tính của ông", rằng "Vấn đề dấu thánh ở đây không phải là công việc của ma quỷ, cũng không phải là sự lừa dối trắng trợn, lừa đảo, mánh khóe của một người quỷ quyệt và độc hại, dấu thánh của ông ấy đối với tôi dường như không phải là sản phẩm bệnh hoạn của những gợi ý từ bên ngoài". Cha Rossi coi những dấu thánh này là "có thật".

Thị kiến Thiên thần Xuyên tâm

Vào tháng 8 năm 1918, một vài tuần trước khi cha Piô được cho là nhận được dấu thánh, ông đã mô tả một trải nghiệm thần bí mà trong đó ông cảm thấy bản thân bị đâm và bị thiêu đốt cả về tinh thần lẫn thể xác bởi một ngọn giáo đầu lửa phóng vào người mình từ một thiên thần. Theo cha Piô, trải nghiệm thần bí này bắt đầu vào ngày 5 tháng 8 và kết thúc vào ngày 7 tháng 8 năm 1918[10]. Cha Benedetto, vị linh hướng của cha Piô, giải thích hiện tượng này là một thị kiến về thiên thần xuyên tâm[11]. Cha Piô sau đó bảo rằng trải nghiệm này đã để lại vết thương ở bên trái cơ thể của ông ấy. Hầu hết các nhân chứng đã kiểm tra vết thương của cha Piô đều cho biết rằng ông có một vết thương ở bên trái, dài khoảng 3 inch (7,62 cm) và có hình chữ thập.

Khả năng phân thân

Cha Piô được những người theo ông tin rằng ông có khả năng phân thân, khả năng ở hai nơi cùng một lúc. Khi giám mục Raffaele Rossi hỏi ông về việc này trong một cuộc điều tra của Vatican, cha Piô trả lời: "Tôi không biết nó như thế nào hoặc bản chất của hiện tượng này là gì - và chắc chắn là tôi không nghĩ gì nhiều lắm - nhưng nó đã xảy ra với tôi khi tôi đứng trước mặt người này hay người kia, ở nơi này hay nơi kia; tôi không biết liệu tâm trí của tôi đã được di chuyển đến đó hay những gì tôi nhìn thấy là một hình thức nào đó của nơi chốn hoặc con người; tôi không biết biết liệu tâm trí của tôi có ở đó với cơ thể của tôi hay không".

Chữa lành bệnh tật

Trong cuốn sách năm 1999 Padre Pio: The Wonder Worker (tạm dịch: Cha Piô: Người thợ gặt kì diệu) đoạn người linh mục người Ireland Malachy Gerard Carroll mô tả câu chuyện về Gemma de Giorgi, một cô gái người Sicilia bị mù được cho là đã được chữa khỏi trong chuyến đến thăm cha Piô. Gemma được bà nội đưa đến San Giovanni Rotondo vào năm 1947, vốn khi sinh ra đã bị khiếm thị. Trong chuyến đi gặp cha Piô, cô bé bắt đầu nhìn thấy các đồ vật. Bà của Gemma không tin rằng đứa trẻ đã được chữa khỏi. Sau khi Gemma quên cầu xin cha Piô ban ơn trong lúc xưng tội, bà của cô đã cầu xin với vị linh mục rằng xin Chúa phục hồi thị lực cho cô. Cha Piô nói với bà ấy: “Này con, con có đức tin không? Đứa trẻ không cần phải khóc mà con cũng không cần khóc, vì con có biết là nó đã được nhìn thấy rồi không ?”[12].

Theo giám mục của Volterra, Raffaele Rossi, người phụ trách cuộc điều tra về cha Piô: "Trong số những vụ chữa lành bệnh tật bị cáo buộc, nhiều vụ không được xác nhận hoặc không tồn tại. Tuy nhiên, trong thư từ của cha Piô, có một số tuyên bố đáng tin cậy cho rằng phép lạ là do sự can thiệp của ông. Nhưng không có xác nhận y tế nên rất khó để đưa ra kết luận và vấn đề vẫn còn đang bỏ ngỏ".

Lời tiên tri

Năm 1947, cha Karol Józef Wojtyła, 27 tuổi (sau này là Giáo hoàng Gioan Phaolô II) đến thăm cha Piô, ông xưng tội cùng với cha Piô. Đức Hồng Y người Áo Alfons Stickler báo cáo rằng Wojtyła đã từng tâm sự với hồng y rằng trong cuộc gặp gỡ này, cha Piô đã nói với ngài rằng một ngày nào đó ông ấy sẽ lên "chức vụ cao nhất trong nhà thờ, mặc dù cần phải xác nhận thêm". Stickler nói rằng Wojtyła tin rằng lời tiên tri đã ứng nghiệm khi ông trở thành hồng y. Thư ký của Giáo hoàng Gioan Phaolô II, Stanisław Dziwisz, phủ nhận dự đoán, trong khi đó cuốn tiểu sử của George Weigel - Witness to Hope: The Biography of Pope John Paul II (tạm dịch: Nhân chứng cho Hy vọng: Tiểu sử Giáo hoàng Gioan Phaolô II), trong đó có tường thuật về chuyến thăm tương tự nhưng không đề cập đến lời tiên tri ấy.

Hiện tượng khác

Một số mô tả về cha Piô rằng ở ông ấy có một "hương thơm rất nồng và dễ chịu, tương tự như mùi của hoa violet" và họ không thể xác định được nguồn gốc của mùi hương đó. Cha Piô kể rằng ông ấy có những thị kiến mà trong đó ma quỷ đã tấn công và quấy rối ông ấy, những hình dạng ghê tợn dưới hình dáng con người và quái thú. Một hiện tượng khác nữa mà cha Piô có được là có thể nhìn thấu nội tâm người khác, ông có thể biết được người khác đang suy nghĩ điều gì trong tâm trí, ông ấy dường như biết được khi nào con người không cảm thấy ăn năn vì những tội lỗi phạm phải. Cha John Paul Zeller của Dòng Truyền Giáo Phanxicô Lời Bất Tử (MFVA) đến từ thành phố Birmingham, bang Alabama của Mỹ kể lại: “Người ta nói ngài thậm chí còn ngửi được mùi vị của tội lỗi”. Chính cha Piô cũng đã xác nhận: "Rất ít lần tôi tình cờ cảm nhận rõ ràng bên trong mình lỗi lầm, tội lỗi, hoặc đức hạnh của ai đó đang bị vấy bẩn".[13]